Civil War

Tras los eventos ocurridos en Stamford, Connecticut, en la que murieron cientos de transeúntes, 60 niños y varios supervillanos y miembros de los New Warriors, la buena opinión pública que se tenía de los superhéroes, cambió radicalmente. El gobierno de los Estados Unidos reaccionó, aprobando la Ley de Registro de Superhumanos. Ésta Ley dividió en dos a la comunidad de superhéroes. Anthony Stark apoyó públicamente la Ley de Registros, convirtiéndose en el líder del movimiento, para ello, reveló su identidad como Iron Man y convenció de hacer lo mismo a Spiderman. Con la creación de la Prisión 42 en la Zona Negativa, que tenía el propósito de encarcelar a todos aquellos que se opusieran a la Ley de Registros, Spiderman se enfrentó a Iron Man en la Torre Stark, y pasó al lado del Anti-registro.

Ambos bandos tuvieron un enfrentamiento decisivo en el que al final, el Capitán América, con mucha consternación, se rindió ante el tremendo daño que estaba provocando el conflicto y decidido a combatir la ley de registro dentro del sistema judicial.

En Civil War N° 7 Stark es nombrado el nuevo director de S.H.I.E.L.D. y tiempo después construye para él un Helicarrier, haciéndole lucir los colores emblemáticos de su armadura, rojo y dorado.

Poco después del final de la serie Civil War, es asesinado el Capitán América por un francotirador el día de su juicio. Stark mirando el cuerpo sin vida del Capitán dijo que lo que había hecho en nombre de la Ley no había funcionado. Luego en su funeral pronunció unas palabras, «nunca supuse que terminaría así».